De collectie van Museum de Fundatie, Locatie Paleis aan de Blijmarkt bestaat uit ruim 7.000 objecten! De collectie is opgebouwd uit particuliere verzamelingen.
De basis voor de collectie werd gelegd door de kunstkenner Dirk Hannema (1895-1984), oprichter van de Stichting Hannema-de Stuers Fundatie, waaruit Museum de Fundatie is voortgekomen. Zijn collectie versmolt in de loop van de tijd met andere verzamelingen, zoals die van het echtpaar De Graaff-Bachiene, kunstenaar Paul Citroen, acteur Henk van Ulsen en longarts Willem Hogervorst.
De internationale collectie van Museum de Fundatie omvat oude kunst, moderne en hedendaagse kunst, kunstnijverheid (glas, keramiek en meubels, met name uit de 17e, 19e en eerste helft van de 20e eeuw), niet-westerse kunst en een kleine collectie etnografica.